El programa de estudios de la maestría en Nutrición y Alimentación Sustentable considera el desarrollo de un proyecto de investigación que el estudiante propone y el director de tesis dirige, mismo que es considerado uno de los criterios para la obtención del grado. Estos proyectos son pensados para resolver de forma creativa e innovadora los problemas que están presentes en las áreas de conocimiento que competen a este programa, en los campos laborales, y en sectores específicos de la sociedad. En las unidades de aprendizaje se imparten Proyecto 1,2, 3 y 4, en donde se promueven las capacidades creativas y de innovación, a través del desarrollo y retroalimentación de los proyectos de los estudiantes.